영재교육기관에는 영재교육원, 영재학급, 영재학교가 있다.

영재학교에는 한국과학영재학교를 비롯하여 서울과학고, 경기과학고, 대구과학고, 대전과학고, 광주과학고, 세종과학예술영재학교, 인천과학예술영재학교가 있으며 매년 4월부터 7월까지 전국 단위로 선발한다.

영재교육원에는 교육청 영재교육원과 대학부설 영재교육원, 단위학교 영재교육원이 있고 일반적으로 매년 9월부터 이듬해 6월까지 학생을 선발하며 영재학급은 매년 2월부터 6월까지 소정의 과정을 거쳐 학생을 선발한다.

교육지원청 영재교육원은 수·과학융합, 수학, 과학, 미술, 융합정보 분야 등에서 학생을 선발한다. 초등과정은 초등 3학년~초등 5학년, 중등과정은 초등 6학년~중등 2학년이 대상이며, 초등 5학년은 그해 영재교육원 수료 예정자만 지원할 수 있다.

매년 10월 ~ 12월경에 학생 지원 단계를 시작으로 담임교사 관찰추천 및 학교 추천위원회 추천 단계를 거쳐 창의적 문제해결력 평가 및 면접 평가를 통해 영재교육 대상자를 최종 선발한다.

※ GED(http://ged.kedi.re.kr)는 교육부와 한국교육개발원에서 관리하는 영재교육종합데이터베이스로 영재선발 온라인 시스템이다.

> 학생 지원 단계에서는 영재교육원에 지원을 희망하는 학생이 GED(http://ged.kedi.re.kr) 사이트에서 지원서와 자기체크리스트를 작성한 후, 지원서를 출력하여 소속학교 담임교사에게 제출한다.

> 담임교사 관찰추천 단계에서는 담임교사가 GED에서 담임반 학생 지원 자료를 확인한 후, 지원자에 대해 영재행동 특성 체크리스트를 작성하고 제출한다.

학교추천위원회 추천 단계에서는 학교추천위원회가 GED에서 학교별 지원자 명단 및 담임교사 체크리스트를 확인하고 추천 여부를 심의한 후 지원자가 특정 기관에 집중되지 않도록 유의하여 최종 추천을 하며, 추천 인원에 대한 제한은 없다.

학교추천위원회의 최종 추천을 받은 교육지원청 영재교육원 지원자는 GED 기관 심사단계에서 창의적 문제해결력 평가 및 면접 평가를 치르게 된다. 창의적 문제해결력 평가는 지필 검사이며 주로 사고력 문항, 교과 응용심화 문항, 실험 탐구 문항, 실생활 연계형 문항 등이 출제된다. 면접 평가는 개별 구술면접으로 사전 질문지를 받고 문제를 풀이한 후, 면접관 앞에서 답변하는 형식으로 진행된다.

부산대학 부설 영재교육원은 대학별 요강에 따라 지원하며 GED는 적용되지 않는다.  매년 9월~11월경에 수학, 과학 분야에서 영재학급, 교육청 영재교육원 등의 영재교육기관 수료자나 학교장 추천을 받은 학생 등을 대상으로 추천서, 학교생활기록부, 자기소개서 등의 서류심사와 면접으로 선발한다. 부산대학 부설영재교육원은 지필검사를 실시한다.

대학 부설 영재교육원과 교육지원청 영재교육원을 지원할 때는 전형 요강에 있는 중복지원, 중복합격, 중복등록 등의 규정을 반드시 확인해야 한다. 중복지원이 허용되는 경우 중복합격은 가능하지만, 한 곳이라도 최종 합격한 학생은 등록 여부와 관계없이 타 영재교육기관에 지원할 수 없다(이미 지원한 경우 지원을 취소해야 함).

또한, 전국 모든 영재교육기관은 중복등록이 불가능하므로 중복합격한 경우 한 곳만 선택하여 등록해야 한다. 중복지원, 중복합격 및 중복등록 등의 규정을 위반하는 경우 합격이 취소된다.